如今，系统集成业的发展主流是健康的，但是，曾经也存在着很多问题，这些问题是不容忽视的，在国家政策的引导下慢慢发展成今天的局面
曾经系统集成业面临的三个主要问题：
首先，一个重要问题是用户在选择集成商的时候缺少依据和标准，特别是在重大 项目招标和实施过程中，缺少必要的监督、检查；此外，有些重大工程项目中的一些流程，包括软件、程序、存档材料，缺少标准，也比较乱，也给项目中软件升级方面造成不少困难。在金系列信息化工程开始后不久，我们就发现了这些问题。
第二个问题是：由于国家信息系统工程建设要求参与竞标的企业有资质和业绩，而我们当时还没有给企业确认资质等级，所以相当多的企业在参与国际竞争中有困难。
第三个问题是：少数不具备承建信息系统工程能力的单位甚至个人，搅乱市场秩序，破坏“游戏规则”，通过各种各样关系，采用不正当手段，拿到了项目，又不能很好完成这些项目，信息工程完成之日，也是这个项目死亡之时，没有很好发挥作用，为国家和用户部门造成极大经济损失，产生了很坏的社会影响。
一些地区和行业主管部门陆续反映了这样的情况，已经引起了当时的电子工业部的领导同志的重视，认识到开展计算机信息系统集成企业资质认证工作确实是迫在眉睫，势在必行。
1996年7月，由当时的电子工业部计算机与信息化推进司暨金系列工程办公室主办，中国软件评测中心承办，开展了“全国优秀系统集成商评选推荐活动’’。这次共评选出技术最强系统集成企业、最佳增值服务系统集成企业等七大类40家优秀系统集成企业，共收集系统集成案例125个。应该说这次活动为企业和用户之间架起了一个桥梁，为日后信息系统相关政策制定提供了参考依据，为信息系统的主建单位选择承建单位创造了条件，是为日后开展计算机信息系统集成企业资质认证工作进行的有益探索。
1998年信息产业部一成立，便将信息系统企业资质认证列入正式工作日程，并组织有关单位，主要是CCID、中国软件评测中心，做了大量调查研究和各项准备工作，于1999年11月份发出了计算机信息系统集成资质管理办法（试行）（信部规[号文件），决定从2000年1月1日起开始做试点工作。实际上，当时我们已经拟定出资质等级条件，作为试点工作中评审的尺度，这个条件由信部规[号文件公布了。
资质认证工作至少有如下4个方面的意义
(1)有利于用户选择项目承建单位。
(2)有剁于系统集成企业展示自身实力，参与市场竞争；按照等级条件，加强自身建设。
(3)有利于规范信息系统集成市场。
(4)有利于保证信息系统工程质量。
